細胞計數儀通常是基于成像或基于阻抗的原理。基于成像的系統使用顯微鏡和相機來捕捉圖像，然后通過算法來計數細胞。基于阻抗的系統通過測量電阻來計數細胞的數量。
首先，考慮的是樣品類型和應用，如果是細胞系，可以選擇明場細胞計數儀，如果是原代細胞，可以選擇熒光細胞計數儀；
其次，要考慮需要計數的樣品數量，從而選擇合適通量的細胞計數儀；
然后考慮細胞計數儀的計數準確性，以及系統可能提供的附加功能；
最終，決定是否使用自動細胞計數儀以及選擇哪一個細胞計數儀在很大程度上取決于您的實驗室目前在做什么和實驗室的長期需求。
但是，在使用這些結果得出結論時，必須謹慎。例如，單倍體細胞百分比的降低可能表明精子細胞數量減少，但以下幾個條件也可能導致百分比降低：
第一，單倍體細胞的數量不變，其他倍性細胞的數量增加;
第二，單倍體細胞的數量減少，其他倍性細胞的數量也減少，但減少相對較小。
第三，單倍體細胞數量增加，其他倍性細胞數量也相對增加和增加;
第四，這種百分比變化可能表明精子發生不受影響，但在兩種情況下也可能發生這種情況：單倍體細胞和其他倍性細胞按比例增加;單倍體細胞和其他倍性細胞按比例減少。
第五，無論在組織勻漿期間細胞的準確鑒定和細胞粉碎，流式細胞術估計細胞數量存在至少一個缺陷。
第六，通常僅反映細胞的相對數量比，但不能確定測量的細胞。感興趣區域的總數是否真的增加，減少或不變。
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